就像N.E.S.T.S组织预料的一样，全球的恐怖事件正一轮接一轮的展开着。与此同时希顿上校（Heidern）与他的部下觉得事情与K"，Maxima他们两人有关，并策划去调查他们。

正当希顿上校（Heidern）准备跟踪K"与Maxima时却得知令一场格斗比赛即将开幕，《格斗天王2000》争霸赛。世界各地的格斗家收到了邀请卡准备全力应战，但使他们万万没想到的是K"与Maxima也在队伍中。

此外，神秘组织N.E.S.T.S所发出的邀请卡意味着第二阶段的计划已经开始了。神秘组织N.E.S.T.S的行动是个巧合，又或者是……？只有时间才能证明这一切。

就像暴风雨之前的平静，混乱即将开始！拳皇大赛又开幕了……